Os Sítios Arqueológicos que se encontram dentro da Reserva, guardam dentro dos abrigos, ainda bem preservados, pinturas rupestres e gravuras que testemunham que passaram por aqui em torno de 550 gerações. Desde 1975 foram encontradas no subsolo, grande quantidade de materiais líticos e ossadas, através de estudos, com o comandado pelo Prof. Altair Salles Barbosa, arqueólogo da UCG, e Prof. Schmitiz, arqueólogo da Unicinos (Rio Grande do Sul), e equipe.

Os Sítios são considerados "ricos", devido a sua grande extensão de "abrigo", o que possibilitou a utilização do local para moradia e pouso de habitantes, desde o Período Paleolítico, e alto grau de preservação arqueológica e ambiental.

Sítio Arqueológico - GO-JA-03 – (Gruta das Araras)
Trata-se de um dos mais bonitos Sítios Arqueológicos do Brasil, em função da conservação das Pinturas Rupestres. Desde 1975 o local é pesquisado por inúmeros pesquisadores, que após algumas análises através do "Carbono 14", podemos chegar a datações de até 11.000 anos atrás para as camadas mais antigas. Pelo caminho que percorre o Cerrado até o Sítio Arqueológico, pode se observar a riqueza do Cerrado, através da variedade de árvores, algumas espécies não existia anteriormente no Cerrado, foram provavelmente plantadas ou disseminadas pelo Homem Primitivo.

Sítios Arqueológicos - GO-JA-04 e GO-JA-25 – (Paredão)
O Sítio GO-JA-04 é composto de duas partes denominadas "A" e "B". A parte "A", é uma pequena ala com algumas gravuras (inscrições rupestres). A parte "B", é um grande Abrigo, com 100 metros de abertura e 20m de profundidade. Há grande quantidade de pinturas e inscrições rupestres. O Sítio GO-JA-25 é constituído de Abrigo, situado a menos de 100 metros do GO-JA-04. O acesso é um pouco íngreme, mas é extremamente gratificante. Há uma vegetação densa que bordeja o paredão, com orquídeas, bromélias, cactáceas e epífitas. Eventualmente podem ser vistos animais terrestres da fauna nativa ou seus vestígios e uma rica variedade de Aves.

Sítio Arqueológico - GO-JA-26
O Sítio é constituído por dois grandes blocos desgarrados, num dos quais há pintura rupestre. Neste local foi efetuada uma escavação que forneceu muito material e atingiu mais de 3m de profundidade. Os únicos dois exemplares de pontas-de-flecha trabalhadas em pedra lascada de toda a região são provenientes desta escavação.

Sítios Arqueológicos - GO-JA-27 e GO-JA-28 – (Somente Pesquisa)
Esse Sítio corresponde a um pequeno abrigo com muitas lascas de arenito solidificado no talude e piso. Existem várias gravuras distribuídas pelo teto, parede e piso do abrigo. Já o Sítio GO-JA-28, que fica cerca de 50m do anterior, trata-se de uma aba de 18m de abertura por 5m de profundidade, apresentando pintura rupestre nas partes mais solidificadas.